Boban Nikolov evoluează pe postul de mijlocaș central și a început fotbalul la Bregalnica Stip Youth (Macedonia) înainte a de ajunge în România, la Academia Hagi, în vara anului 2010, unde a evoluat până în iunie 2015.
A debutat în Liga 1 la 8 martie 2013, în partida Gaz Metan Mediaș - FC Viitorul 4-1, pentru ca apoi, începând cu iulie 2015, să evolueze, în ordine, pentru Vardar Skopje (Macedonia de Nord), Videoton (Ungaria), Lecce (Italia), Sheriff Tiraspol (Moldova), FCSB, Kisvarda (Ungaria) și FK Borac Banja Luka (Bonia-Herțegovina) de care s-a despărțit în luna iulie a acestui an, dar după un sezon foarte bun în care a ajuns cu echipa până în optimile de finală ale Conference League.
În palmaresul său figurează două titluri de campion al Macedoniei de Nord cu Vardar Skopje (2015 și 2016), unul de campion al Ungariei cu Videoton (2018), unul al Moldovei cu Sheriff Tiraspol (2022), o Cupă a Ungariei cu Mol Vidi (fostă Videoton - în 2019) și o Cupă a Moldovei, tot cu Sheriff Tiraspol, în 2022.
Este fost internațional U17, U19 și U21 al Macedoniei de Nord, alături de care a participat la Campionatul European U21, în 2017.
La prima reprezentativă a Macedoniei de Nord a disputat, până la 16 septembrie 2025, 49 de partide și a marcat 4 goluri.
În 342 de meciuri jucate în carieră pentru formațiile de club, până la 16 septembrie 2025, a reușit 30 de goluri și 27 de pase decisive.
